"Der Stellvertreter" ist die Geschichte zweier Männer, die gemeinsam versuchen, das Ungeheurliche des Holocaust der Welt bekannt zu machen und dabei scheitern.
Kurt Gerstein (Ulrich Tukur), im zivilen Leben Chemiker, wird von der SS beauftragt, ein Schädlingsvernichtungsmittel zu erfinden. Gerstein erfüllt den Auftrag zur vollsten Zufriedenheit und erfindet das Gift Zyklon B. Kurt Gerstein ahnt jedoch nicht, daß sein Mittel nicht gegen Insekten, sondern gegen Menschen eingesetzt werden soll. Als er im Jahre 1942 miterlebt, wie Juden mit seinem Mittel vergast werden, läßt ihm sein Gewissen keine Ruhe. Gerstein versucht die Weltöffentlichkeit über diese ungeheuerlichen Vorgänge zu Informieren. Durch den Schwedischen Ausminister versucht er mit dem Nuntius des Papstes Kontakt aufzunehmen und die Lieferungen von Zyklon B zu sabotieren. Einen Mittstreiter findet Kurt Gerstein in dem jungen Jesuiten Ricardo Fontana (Mathieu Kassovitz), der versucht, den Papst zu einer klaren Stellungnahme gegen die Nazis zu bewegen. Der Papst ist jedoch eher darauf bedacht, die Neutralität der Kirche zu wahren und es sich nicht mit den Nazis zu verscherzen.
Der Film basiert auf dem Theaterstück von Rolf Hochhuth, in dem 1963 erstmal die Rolle des Vatikans während des zweiten Weltkrieges hinterfragt wurde. Die Figur des Kurt Gerstein ist eine reale Figur. Er wurde nach dem Krieg als Kriegsverbrecher angeklagt, dann aber vom Staate Israel rehabilitiert. Die Figur des Jesuiten Ricardo Fontana ist hingegen fiktiv, steht aber für die vielen Priester und Kirchenangehörigen, die Gerstein bei seinen Bestrebungen halfen. Insgesamt kommt die katholische Kirche in dem Film nicht gut weg. Dies wird besonders in der Schlußszene deutlich, als die Kirche Naziverbrechern hilft, sich nach Südamerika abzusetzen. Ob es sich wirklich so ereignet hat, werden wir wohl nie erfahren. Die Kirche wird sich zu diesem Thema ausschweigen. Denkbar ist diese Szenario aber, was sie erst richtig erschreckend macht.
